1993 m. birželio 16 d. iš Linksmakalnio pasitraukė sovietų kariai. Unikalią ir milžiniškus pinigus kainavusią šnipinėjimo aparatūrą rusų kariškiams prieš išsikeliant teko sunaikinti, nes ji buvo pritaikyta specialiai šiai vietai. Ant pastato buvusi didžiulė metalinė lėkštė, jau vėlesniu laikotarpiu buvo parduoda, demontuota ir išvežta.
1993 m. išėjus rusams miestelį perėmė Ryšių ir informatikos ministerijos Radijo ir televizijos centro Kauno filialas. Miestelis perduotas kaip karinis ryšių objektas, tačiau jis ministerijai buvo nereikalingas. Tuomet miestelis išnuomotas AB „Statyba“. Ši įmonė turėjo įvairių sumanymų, tačiau dėl finansinių sunkumų jų taip ir neįgyvendino. Bet vienas geras dalykas, dėl kurio reikėtų pasakyti ačiū – ministerijos valdymo metu miestelyje buvo įrengtas dujotiekis!
1995 metų gegužės 19 dienos Lietuvos respublikos vyriausybės nutarimas (Nr. 719) skelbė: „Leisti valstybinei įmonei „Lietuvos radijo ir televizijos centras“ lėšas, gautas už Kauno rajono Linksmakalnio gyvenvietėje esančių pastatų nuomą, panaudoti dujotiekiui į Linksmakalnio gyvenvietę tiesti ir dujinei katilinei šioje gyvenvietėje statyti.“
1995 m. lapkričio 2 d. Vyriausybės nutarimu miestelis perduotas Kauno rajono savivaldybei. Karinę teritoriją primena miestelyje vis dar likę artefaktai. Šiandien miestelyje vietoj čia buvusios karinės bazės veikia verslai ir svarbią socialinę funkciją atliekančios įstaigos – Linksmakalnio mokykla – darželis, laisvalaikio salė, biblioteka. Čia įsikūrusi ir daugiau nei 20 metų veikianti įmonė UAB „Šalvis“, besispecializuojanti turbinų restauravimo, sunkiojo transporto bei industrinių variklių remonto srityse; egzotinių gyvūnų prieglauda, viešbutis ir gydykla „Driežo“ namai. Taip pat čia veikia reabilitacijos centras VšĮ „Sugrįžimas“, kurį yra aplankęs prezidentas Valdas Adamkus.
Apie senuosius laikus gyvenvietėje primena liepų alėja – anksčiau grįsta akmenimis. Šia alėja keliaukite atgal link gyvenvietės centro.